Par ses effectifs, la Compagnie de Jésus constitue la plus petite communauté religieuse à Montréal en 1725. Cette année-là il n'y a que quatre ou cinq missionnaires et leurs domestiques qui résident dans le couvent pendant des séjours de plusieurs mois. L'établissement de Montréal sert de lieu de repos pour les jésuites : les uns y trouvent de l'hébergement avant de se rendre à leurs missions dans les pays d'en haut, les autres s'y rendent pour le service du Roi. Certains y tiennent aussi des cours en génie et mathématiques. La résidence, l'église et la chapelle dédiée à la Sainte-Vierge sont érigées sur un bande de terre sur le côté nord de la rue Notre-Dame (site actuel de l'ancien Palais de justice et de l'Hôtel de Ville) dont le nouveau tracé des fortifications établi par Chaussegros de Léry découpera une portion.
Bien que les jésuites desservaient la paroisse au tout début de Ville-Marie, ils ont dû attendre jusqu'en 1692 avant d'avoir la permission de l'évêque de s'y établir de façon permanente. Cette année-là, ils achetèrent un terrain qui se trouvait en dehors de la nouvelle palissade. Manquant de fonds, les jésuites devaient échelonner la construction de leurs édifices conventuels pendant des décennies. Cependant, en 1694, avec les fonds provenant d'une congrégation de Montréalais influents fondée par les jésuites, ils faisaient ériger la chapelle rectangulaire perpendiculaire à la rue Notre-Dame et qui occupait la partie ouest de leur ensemble bâti. À partir de 1700, l'ensemble se trouvait à l'intérieur de l'enceinte de la ville. À l'est de leur couvent, ils faisaient bâtir une église en 1719. Douze ans plus tard, le maçon architecte Dominique Janson dit Lapalme y fera ajouter un grand portail orné. La résidence elle-même originalement en bois, sera parachevée en 1742. Ce sera un immeuble de deux étages en pierre. Il complétera l'arrière d'une cour en reliant l'angle de la chapelle et en rejoignant l'église.
Dès 1754, la bonne fortune des jésuites se renversera. Cette année-là, une partie de l'ensemble conventuel sera endommagé par le même incendie qui touchera le Château Ramezay et la chapelle Bonsecours. Mais la Conquête et un revirement dans les politiques du Vatican entraîneront des suites encore pires. Dès le Traité de Paris en 1763, le gouvernement britannique défendra aux jésuites de recruter de nouveaux membres, tandis qu'en 1771 le pape interdira entièrement la Société de Jésus. À partir des années 1770, la résidence sera transformée en prisons, et en 1789 l'ancienne église des jésuites deviendra une église anglicane.
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