Le tronçon le plus ancien de la rue Berri apparaît au début des années 1690 lorsque le Séminaire de Saint-Sulpice laisse un passage entre les emplacements concédés à Séraphin Lauzon, François Guillemot dit Lalande et Toussaint Hunault et un terrain alors réservé pour les Récollets. C'est une petite « ruelle d'environ 12 pieds qui conduit au fleuve » qui prendra plus tard le nom de rue Saint-Gilles.

Au tournant du XIXe siècle, on ouvre une petite voie connue sous le nom de ruelle Guy dans l'axe de la rue Saint-Gilles, entre les rues Saint-Louis et Saint-Antoine. À partir du 13 août 1818, cette ruelle prend le nom de rue Berry. Ce nom pourrait venir de Simon Després dit Le Berry. Engagé à La Flèche en 1653, il est tué par les Iroquois en 1663; il était propriétaire d'une terre bornée à l'ouest par un des segments de la rue. Au début du XIXe siècle, on nomme toujours cette terre « la Berry ».

La rue Berri prend sa forme actuelle lorsque, en 1895, on exproprie des terrains pour la construction de la gare Viger. Cette opération permet de prolonger la rue Berri jusqu'à la rue de la Commune en y intégrant la rue Saint-Gilles.