Cette rue est mentionnée pour la première fois dans un contrat de concession par le Séminaire de Saint-Sulpice en 1711. Le Séminaire vient d'acquérir de Jeanne Lecavelier un des rares terrains vacants de la ville, et l'ouverture de la rue Saint-Alexis, entre les rues Saint-Pierre et Saint-Jean, facilite sa subdivision en plusieurs parcelles entre la rue du Saint-Sacrement et la rue Notre-Dame. L'origine du nom Saint-Alexis est inconnue, mais ce nom pourrait rappeler Alexandre Le Rageois de Bretonvilliers, deuxième supérieur de la compagnie de Saint-Sulpice.